针对我国传统发酵食品及健康人群肠道中存在的优良益生菌，通过高效筛选模型和功能评价体系建立益生菌菌种资源库，并获得具有优良性状的专利菌株20余株，益生功能涉及抑制致病菌、抗氧化、缓解氧化损伤、调节免疫等等。同时对功能菌株进行全基因组测序和性状解析，分析菌株的环境胁迫机制、生长限制因子、以及糖代谢途径，实现菌株在工业化生产中的高效应用。本项目所涉技术已在光明乳业、南京卫岗乳业有限公司、扬州市扬大康源乳业有限公司等推广应用，其中植物乳杆菌ST-III是我国第一株具有自主知识产权并进入大规模工业化生产的益生菌菌株，光明乳业已推出ST-III植物性乳酸菌饮料。